Le projet de réorganisation du Muséum s'appuie sur 3 grands principes : la refonte de l'organisation des entrées et de la relation de l'accueil avec le public, la réorganisation spatiale de l'intérieur autour d'un espace central ouvert sur les différents niveaux et, enfin, le déplacement des espaces de circulation non plus à l'intérieur mais à l'extérieur permettant ainsi d'ancrer le musée dans une dimension urbaine.

Le socle du rez-de-chaussée est intégralement ré-ouvert sur la rue et permet, par le biais d'une grande paroi vitrée, la vue sur les réserves mammifères, introduisant dès l'entrée le visiteur dans le parcours scénographique. Le parcours se poursuit ensuite de manière fluide grâce aux escaliers en façade, tandis que le grand vide central, avec les animaux qui le peuplent, crée une continuité et permet de faire dialoguer les trois séquences de l'exposition.
La double paroi intégrant les circulations permet également une meilleure gestion thermique, tout en créant, grâce à sa transparence, un lien visuel entre l'intérieur du Musée et la ville.